این بیمارستان در سال 1371 شمسی توسط تعدادی از خیرین از جمله آیت‌الله قره‌باغی نماینده مردم آذربایجان‌غربی ، در زمینی به مساحت2273 متر مربع  و با اختصاص 22 هزار و 700 میلیون ریال با نام بیمارستان سیدالشهدا  پایه گذاری شد ولی به دلیل کمبود اعتبارات و برخی مشکلات نیمه‌کاره رها شد. خوشبختانه این وعده بعد از 17 سال انتظار مردم استان به حقیقت پیوست و در مهرماه سال 88 با مجوز و نظارت مستمر اداره نظارت بر درمان وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی شروع به بهره برداری گردید. 

این مرکز دولتی با زیربنای 10 هزار مترمربع در شش طبقه و با 153 تختخواب و 437 نفر پرسنل شروع به فعالیت می کند. بخش های بیمارستان مشتمل سه اتاق عمل جراحی، مراقبت‌های ویژه، چهار بخش CCU، داخلی مردان،زنان،اطفال، آنژیوگرافی ، اورژانس، بخش رادیولوژی، و درمانگاه است که پس از تقبل هزینه 10 میلیارد ریالی توسط یکی از خیران شهر، با مصوبه دولت در دور اول سفر رئیس‌جمهوری به استان از محل اعتبارات ملی و استانی تأمین اعتبار شد. 

این بیمارستان یکی از پیشرفته‌‌ترین و مجهزترین بیمارستان تخصصی در شمال غرب کشور به حساب می آید که با آغاز  به کار شدن این بیمارستان،دو مرکز قلب طالقانی و امام خمینی ارومیه به عنوان بخش‌های اورژانس قلب فعالیت می‌کنند. 

  انتظار برآن است که گروه قلب بیمارستان سیدالشهدا ارومیه تا 10 سال آینده، با رسیدن به استانداردهای جهانی در جهت نأمین و ارتقاء سلامت جامعه بیماران قلبی سهمی وافر داشته باشد و به عنوان گروه پیشرو در زمینه های مختلف جراحی قلب در شمال غربی کشور قرار گیرد.